在高达00第二季中，利冯兹·阿尔马克与「Celestial Being」的战斗以真正的变革者刹那·F·清英等人的胜利拉上了帷幕。独立治安维持部队「A-Laws」解体，新联邦政府成立，世界终于走向了和平。
这样过了两年，西历2314年， 一艘130年前制造完原型太阳炉并且已经没有生命反应的木星探查船接近地球，未知的物体－ELS（Extraterrestrial Living metal Shapeshifter），因为母星正逐渐被恒星的引力所吸引，被迫寻找新的星球生存。ELS被人类所发出的脑量子波所吸引，并企图与人类强行融合从而拥有对方的思想，达到与人类相互理解的目的。天人成员刹那等人和地球联邦军将一起展开保卫地球与人类的宇宙最终战争。
